تأسّس قسم التعقيم في مطلع العام 2003 لتوفير حاجات المستشفى وتأمين الخدمات اللازمة وهدفه الحدّ من إنتشار العدوى عبر القضاء على الجراثيم بواسطة تطهير وتعقيم الأدوات والمعدات الطبية (أدوات معدنية, أقمشة وبدلات و أدوات بلاستيكية ).

يحتوي القسم على جهازي تعقيم حديثين يعملان على نظامين مختلفين :التعقيم بالبخار والتعقيم بالغاز للوصول الى أقصى حماية ممكنة,بالإضافة الى أجهزة لنقع وتنظيف الادوات, وجهاز إحكام إغلاق المغلفات التي تحوي المعدات وجهاز تنشيف المعدات الرطبة.

يخضع هذا القسم للمراقبة اليومية والتدقيق على الأجهزة والتأكد من المعايير الخاصة بكل جهاز والصيانة الدورية الوقائية لما في ذلك من أهمية وتأثير على السلامة المهنية ومكافحة العدوى